Nel 1863 entra in vigore un nuovo statuto dell'Università di Urbino, varato per adeguare l'ordinemanto dell'Ateneo alle norme del Regno d'Italia. Con esso viene meno il sistema a rotazione in vigore fin dalla fondazione.
Dal 1863 ad oggi i sistemi di scelta del Rettore sono stati diversi, intimamente legati al sistema politico-istituzionale vigente: dalla nomina ministeriale all’elezione in seno ai professori ordinari.
Ecco l'elenco dei Rettori dal 1863 ad oggi:
Carlo Negroni
1863-1873
Gambattista Villanova
1873-1876
Vincenzo Vanni
1876-1888
Filemone Mircoli
1888-1890
Demetrio Gramantieri
1890-1892
Filemone Mircoli
1892-1895
Antonio Vanni
1895-1922
Adolfo Zebroglio
1922-1924
Canzio Ricci
1924-1944
Giuseppe Branca
1944-1947
Carlo Bo
Giovanni Bogliolo
2001-2009
Stefano Pivato
2009-2014
Vilberto Stocchi
2014-2020
Giorgio Calcagnini
2020 in carica
