L’ateneo urbinate nasce nel bel mezzo della vita del Ducato di Urbino. Prima come Collegio dei Dottori (con facoltà di laureare), poi come Studio Pubblico, quindi come Università vera e propria.
Vari provvedimenti legislativi hanno, nel corso dei secoli, legato l’Università di Urbino al suo territorio, il più importante è il decreto del 1565 col quale il duca Guidobaldo II Della Rovere obbligava i suoi sudditi a laurearsi presso il Collegio urbinate. Un obbligo ribadito dal successore Francesco Maria II Della Rovere nel 1626 e in seguito da diversi Legati pontifici.
Per via di questi provvedimenti protezionistici, tutti i sudditi del duca di Urbino o dopo l’aprile 1631 tutti gli abitanti della Legazione i quali volessero laurearsi, dovevano sottoposti alla presto o tardi all’autorità universitaria dell’ateneo urbinate.
Con l’Unità d’Italia, caduta definitivamente l’antica visione dell’istituto universitario, l’antico obbligo poteva dirsi superato. Tuttavia l’Università di Urbino rimase legata al suo territorio avendo da tempo assunto lo status di ente provinciale.
Secondo una concezione della Goliardia, forse ormai superata, ciascun Ordine aveva un proprio territorio, al di là dal ristretto ambito cittadino-universitario. Tribunato di Padova, per esempio, estende la propria sovranità su un ampio territorio interregionale per ragioni storiche dovute all’esser stato per secoli l’unico ateneo nella Repubblica di Venezia.
Anche il MOT, al pari del Tribunato e degli altri ordini maggiori e minori, estende la propria Sovrana Autorità Goliardica su un territorio che, per le ragioni sopra ricordate coincide con quello che fu territorio del Ducato di Urbino ed in seguito della Legazione di Urbino nello Stato Pontificio.
i territori che fecero parte del Ducato, vennero acquisiti, a vario titolo, nel corso di quattro secoli: il nucleo originario è quello di alcuni castelli sparsi nel territorio del Montefeltro (a nord dell'alta valle del Foglia), territorio conteso a scacchiera con altre famiglie come i Carpegna, i Malatesti, gli Olivi ecc. Un'abile politica (densa di momenti di gloria e di tragica disfatta) portò all'espansione dell'originario e frammentato dominio fino a creare un ampio Stato unitario. La stessa acquisizione di Urbino, concessa ai Montefeltro dall'imperatore Federico II di Svevia nel 1226, fu lunga e non priva di lutti, per la contrarietà degli urbinati a sottomettersi a signori feudali quali erano i Montefeltro. La dura contesa si concluse solo nel 1234 con la vittoria del Montefeltro.
Da Urbino a Cagli (definitivamente solo nel 1376), da Cagli a Gubbio (1384) e quindi a Cantiano (1393) e Frontone (1420), mentre le attenzioni andavano alla Massa Trabaria (Castel Durante e Lunano nel 1424). Nel 1437, grazie al matrimonio di Federico da Montefeltro con Gentile Brancaleoni, si aggiunsero Mercatello e Sant'Angelo in Vado. Nel 1440 toccò a Frontino e tre anni dopo venne la volta di Fossombrone acquistata per 13.000 ducati.
La lunga e logorante lotta di Federico da Montefeltro con Sigismondo Pandolfo Malatesti Signore di Rimini e Fano, determinava il continuo spostarsi dei confini tra i territori delle due famiglie (tra Marche e Romagna), fino alla definitiva sconfitta del Malatesti nel 1464. A seguito di ciò, vennero consolidate le posizioni nell'entroterra riminese ed in altre zone sparse della regione come Pergola e Sassocorvaro con i relativi contadi.
Con l'avvento dei Della Rovere (1508) si aggiungono al Ducato di Urbino: Senigallia col suo contado ed il Vicariato di Mondavio. Quindi fu la volta di Pesaro col suo contado, nel 1513, ceduta da papa Giulio II (Della Rovere) al nipote Francesco Maria I dopo l'estinzione degli Sforza.
Il Ducato così configurato, rimase tale fino al 1631 quando, morto l'ultimo Duca Francesco Maria II, tornò per intero alla Chiesa sotto la minaccia di Papa Barberini. I duchi di Urbino, infetti erano Vicari in temporalibus della Santa Sede. Accadde così a Urbino quanto era accaduto prima a Camerino ed a Ferrara.
Sotto il diretto dominio del papa i territori dell'antico Ducato rimasero uniti, come Legazione o come Delegazione, fino all'8 settembre 1860.
Anche durante le parentesi napoleoniche, salvo piccole eccezioni, il territorio dell'antico Ducato costituirono sempre un corpo amministrativo unitario.
Passati al Regno d'Italia, nel 1862 vennero staccati dalla nuova Provincia di Pesaro e Urbino i corpi di Gubbio e Senigallia, mentre fu aggiunta Fano e il suo contado che, dal 1463 (escluse brevi parentesi) aveva goduto della cosiddetta Libertas Ecclesia.
Nel corso dell'ultimo secolo di vita del Ducato i momenti più critici furono l'occupazione del Valentino (1502) e la devoluzione a Lorenzo de'Medici (1516-1519), ma si trattò in entrambe i casi di momenti transitori.
Così come il MOT esercita la propria sovranità goliardica in virtù dei decreti ducali e dei provvedimenti dei Legati pontifici emessi nei secoli scorsi, così li esercita anche sui territori acquisiti alla Provincia di Pesaro e Urbino in virtù dello status di Università Provinciale posseduto tra la metà del XIX secolo e l'inizio del XX.
